Physic Labs

最先端の物理学

生物物理学

生物物理学は物理法則と定量モデルを用い、生体システムの構造・動力学・機能を多様な尺度で研究します。

物理と生物の接点は既存公式の適用だけではありません。生体は開放系で、熱雑音、多成分相互作用を持ち、しばしば非平衡です。状態変数・尺度・測定法の選択と、簡略モデルが破綻する条件の特定も重要です。

D=kBT μ,⟨Δr2(t)⟩=2dDtD = k_B T\,\mu,\qquad \langle\Delta r^2(t)\rangle=2dDt

定義: ブラウン拡散と熱エネルギー

粘度ηの流体中にある半径aの球状ブラウン粒子では、連続体・平衡の仮定の下で D=kBT/(6πηa)(ストークス・アインシュタイン)です。d次元で平均二乗変位は2dDt。細胞内の混雑や能動性はこのモデルを破ることがあります。

温度と粒子サイズを変えながらブラウン粒子と軌跡群を観察します。ランダム軌跡は有限標本で、特定細胞の予測ではありません。

単一粒子からアンサンブルへ

単一分子の軌跡は雑音を含みますが、⟨Δr²⟩などの集団量からDを安定に推定できます。生体環境では多数分子を追跡し、時空間分解能を考慮して変位分布を比べ、通常拡散・異常拡散・能動輸送を区別します。

例: 拡散係数の推定

二次元でトレーサーの⟨Δr²⟩が1秒後に4 μm²です。通常ブラウン運動としてDを推定してください。

解答

d=2では⟨Δr²⟩=4Dt より D=1 μm²/s です。実データでは位置決め誤差を補正し、時間に対する線形性を確認します。

熱平衡では、ブラウン運動はランジュバン方程式 γx˙=F+ξ(t)\gamma\dot{x}=F+\xi(t) で表せます。ランダム力の相関は揺動散逸関係によって摩擦と結びつきます。生細胞はATPを消費して非平衡で動作するため、微小管、分子モーター、膜は受動拡散ではなく方向性の流れを生みます。機構を区別するには、変位分布や時間相関を比較し、負荷や阻害剤を変えた際の応答を測ります。モデルでは対象の尺度を保つ必要があり、トレーサー、標的分子、細胞構造が同じように動くとは限りません。因果解釈には追跡と介入の両方が必要です。

解析では熱ゆらぎとエネルギー消費による能動ゆらぎを区別します。平衡では揺動応答関係が雑音の大きさと線形応答を結びます。生体での破れは活動性を示すことがありますが、測定誤差や不均一性を先に除外すべきです。複数の時間遅れで追跡し、温度と負荷を制御すると解釈を検証できます。

確認問題

二次元ブラウン拡散で⟨Δr²⟩はいくらですか。

ストークス・アインシュタイン関係の前提は何ですか。

参考文献

  1. Rob Phillips et al. (2012). Physical Biology of the Cell